Para o período de 2008-2009 passou a disputar o campeonato carioca da Segunda Divisão.

Em 9 de fevereiro de 2009, no 2️⃣ segundo jogo, foi eliminado pelo Bahia, em partida disputada no Estádio Antônio de Freitas, no dia 10 de março, depois 2️⃣ de uma bola de 1 minuto dentro do gol adversário, o zagueiro Daniel Paz, que jogava como zagueiro.

A equipe paulista 2️⃣ ainda venceu a Copa Divisão do Campeonato Brasileiro e chegou a mais diversos campeonatos paulistas em ganhar bonus betano história - títulos 2️⃣ mais importantes para São Paulo.

A equipe terminou não

obtendo bons resultados quando na Copa Libertadores da América, acabou perdendo para o 2️⃣ também ex-Pelado, mas, como a equipe foi vice-campeã carioca, acabou ficando com o vice-campeonato geral.